An integrated system to identify conserved sequence elements
      associated to mRNA splicing



[   GIBBS   ][   User Selected Region (Exonic)   ][   Motif #4   ]

Motif Logos

Motif Energy Dot Plot (25 + 10 + 25)

Motif Secondary Structure ( 25 + 10 + 25)

Motif Statistics  
Gene ID Chromosome Strand Exon
1
Intron
1
Exon
2
Intron
2
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3
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4
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117
 
ENSG00000001626 HMM 7 1     s                                                s                                                                                                           0/2
ENSG00000012048 HMM 17 -1                                                                                                                                                          0/0
ENSG00000017427 HMM 12 -1                   M s              1/1=1
ENSG00000101017 HMM 20 1                                                    0/0
ENSG00000127603 HMM 1 1                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            0/0
ENSG00000131828 HMM X 1                                                                0/0
ENSG00000139618 HMM 13 1                                                                                                                                                                      0/0
ENSG00000140443 HMM 15 1           s                                                                                                                 0/1
Use HMM Models to Scan This Gene Set M-->Motif s-->selected region  

Motif Information
Detail ID Gene ID Chromosome Start Position End Position Strand View ProSplicer Splice View
1 ENSG00000139618  13  30734718 30734727 1
2 ENSG00000131828  18735243 18735252 1
3 ENSG00000127603  39163384 39163393 1
4 ENSG00000101017  20  45436360 45436369 1
5 ENSG00000017427  12  101372012 101372021 -1

Motif Simplified PSSM
A 9 6 0 0 4 0 0 6 0 6
C 0 0 0 0 6 8 0 0 0 0
G 0 0 0 0 0 0 0 4 4 4
T 0 0 8 8 0 0 9 0 6 0

Motif PSSM
Position A C G T
1 94 0 0 0
2 57 0 0 0
3 0 0 0 75
4 0 0 0 75
5 39 57 0 0
6 0 75 0 0
7 0 0 0 93
8 57 0 38 0
9 0 0 38 57
10 57 0 38 0

Motif FASTA
1 ttgggtttat AATCACTATA gatggatcat
2 gatggaatgg ATATCCTGTG cgtccgagag
3 gaattatata AATTACTAGA g
4 ggtgaaagcg AATTCCTAGA cacctggaac
5 gatgctcttc AGTTCGTGTG tggagacagg


Department of Computer Science and Information Engineering
National Central University
No.300, Jung-Da Rd., Chung-li , Tao-yuan, Taiwan, 320, R.O.C.
Department of Biological Science and Technology, Institute of Bioinformatics
National Chiao Tung University
1001 Ta Hsueh Road, Hsinchu, Taiwan 300, ROC
Contact with bryan@mail.NCTU.edu.tw







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